在基督徒的祷告中，三位一体的神都参与在其中，他们在祷告中的作用分别是：
圣父是我们祷告是对象，（太6:9）所以你们祷告，要这样说，我们在天上的父，……。（弗3:14）因此，我在父面前屈膝……。圣子只有在极特殊的情况下，偶尔也能作为我们祷告的对象。因为在新约中（从耶稣死里复活之后），所有的祷告对象都是向着父的，并且圣经也明明的吩咐我们应该向父祷告。只有两处是向主耶稣祷告的。一处是：【徒7:59】他们正用石头打的时候，司提反呼吁主说，求主耶稣接收我的灵魂。另一处是：【启22:20】证明这事的说，是了。我必快来。阿们。主耶稣阿，我愿你来。这两处中还有一处，并非是祷告，更像是一个情感的抒发。既然有一处是向着主耶稣祷告的例子，所以，我们说在极特殊的情况下，圣子偶尔也能作为我们祷告的对象。但是，单独以圣灵作为祷告的对象，按着圣经真理的启示，圣经中从来是没有的。

然后，在结束时，我们要奉圣子耶稣基督的名，（约14:13）你们奉我的名，无论求什么，我必成就，叫父因儿子得荣耀。（约16:26）到那日，你们要奉我的名祈求。我并不对你们说，我要为你们求父。因为我们能坦然无惧地来到父面前，都是因着耶稣基督舍命流血的功劳。父是因着爱子的缘故，使我们得蒙救赎，罪过得以赦免的。
祷告的内容与过程，我们都是要靠着圣灵。（犹1:20亲爱的弟兄阿，你们却要在至圣的真道上造就自己，在圣灵里祷告。（弗6:18）靠着圣灵，随时多方祷告祈求，并要在此儆醒不倦，为众圣徒祈求……。

祷告开始时的祷告对象，与祷告结束时的奉耶稣基督的名，我们都很容易去实行，也就是说，我们很容易就把这两项内容放在我们的祷告中。只是靠着圣灵祷告，我们很多人常常觉得不知道如何实行，就是不知道怎么样“靠圣灵”。也有肢体反应，从网上搜索了大量相关的文章，想明白怎样才是在圣灵里祷告，结果是冗长的文章让他越看越糊涂了。
其实，在圣灵里祷告，不是某种高超的属灵经历，就是靠着圣灵祷告的意思。只要我们的生命是已经被圣灵重生了，我们祷告的内容与次序是符合圣经真理的安排，而非出于明显的妄求或自私的目的；我们祷告的态度是真实而诚恳的，而非假冒伪善的做秀给别人看。那么，我们在祷告中，不知不觉的就被圣灵感动或引导了。比如，我们在祷告时称耶稣为主，我们都以为这肯定和圣灵的感动半点关系都没有，不就是我们自己想这么叫就这么叫了吗？哪知道这也是圣灵感动的结果。（林前12:3“若不是被圣灵感动的，也没有能说耶稣是主的。”

“在圣灵里祷告”与“圣灵用说不出来的叹息为我们祷告”不同，也与林前14章的“用灵祷告”不同，有些宗派却将这三者混为一谈。“圣灵用说不出来的叹息为我们祷告”，这种祷告，不是教我们怎样祷告，而是告诉我们，当我们软弱的时候，保惠师圣灵会为我们在鉴察人心的父面前代求，使我们可以重新得力，刚强起来。“用灵祷告”是方言的祷告，但与今天某些宗派里的那种，既从来就没有人翻译，又从来不知道自己说得是什么的那种假方言不同，用灵祷告也不是可以教、可以学的，因为用灵祷告时，这个人的悟性是没有功效的。为了推行错误的方言，他们将这句话也进行了曲解，他们说“悟性没有功效”，就是在自己的思想里不懂得自己讲得是什么，这不正好与今天的那些宗派中的方言一样了吗？其实，“悟性没有功效”的意思并不是说自己不知道在说啥，而是说他们在用灵祷告的时候，他们的悟性不发生作用，也就是说，不是自己想着我该祷告怎样的内容。

所以，“圣灵用叹息为我们祷告”、“用灵祷告”、“在圣灵里祷告”三者是不同的。“圣灵用叹息为我们祷告”不是让我们做的，而且也不是每时每刻需要做的，只有当软弱的时候，圣灵才为我们如此做。“用灵祷告”也不是每个人可以做的，因为并不是人人都有方言的恩赐，即使使徒非常重要，神也不能让我们人人都作使徒，圣经说，岂都是作使徒呢？更何况方言与使徒比，还不是那么重要呢？所以，圣经也明说，岂都是说方言呢？只有“在圣灵里祷告”，才是我们每个基督徒都应该做的，且应该常常做的。我们根本不必刻意的去寻找一种与众不同的方法，来作为在圣灵里祷告的证据。我们只要普普通通的按着圣经真理中有关于对祷告要求，如此祷告即可。